Если скопировать один Git-проект внутрь другого и выполнить commit, Git сохранит вложенный проект как gitlink (режим 160000). В GitLab вместо содержимого директории будет отображаться ссылка на commit:
init-server @ 957c7776
Простое удаление вложенного .git не поможет: ссылка уже записана в индексе родительского репозитория.
Решение:

1. Удаляем gitlink из индекса, сохраняя файлы на диске:

git rm --cached init-server

2. Удаляем метаданные вложенного репозитория, если они ещё существуют:

rm -rf init-server/.git

3. Добавляем содержимое как обычные файлы:

git add -A init-server/

4. Проверяем:

git ls-files --stage init-server

Вместо записи с режимом 160000 должны появиться отдельные файлы с режимами 100644 или 100755.

5. Фиксируем изменения:

git commit -m "Convert init-server to regular directory"
git push